בספרו החדש, מבעד לקרקעית השקופה, משתמש יובל שמעוני בטכניקת בניית עלילה שכבר השתמש בה בספרים קודמים (מעוף היונה, חדר) – הכוונה היא לטוויית שניים או שלושה סיפורים שונים, נבדלים ועצמאיים, שמתלכדים בסופו של דבר למכלול. מעוף היונה (1990) למשל, מורכב משני סיפורים המתרחשים באותו היום: סיפורו של זוג תיירים שדעיכת אהבתם מתרחשת במהלך טיול בפריס, אל מול סיפורה של אישה בודדה החיה בעיר ומואסת בחייה. הסיפורים הוצבו זה לצד זה כבמלאכת שתי וערב, עמוד אחד לסירוגין לכל סיפור, עד שהתלכדו לרגע משותף וטראגי שעורר תהייה על שרירותם של סופים בכלל, ושל המוות בפרט. גם ברומן האחרון שלו שמעוני מגולל שני סיפורים נפרדים: שני גיבורים שמשקפים דמויות ארכיטיפיות של מדכא ומדוכא שגורלותיהם אחוזים זה בזה. אלא שכאן המחבר ממקם את העלילה הרחק במאה ה־16, באימפריה הספרדית; כלומר כאן נוסף על הסיפורים הפרטיים ישנו גם הסיפור ההיסטורי.
המאורעות ההיסטוריים העומדים ברקע העלילה הבדיונית הם ארבע ההפלגות שערך כריסטופר קולומבוס באוקיינוס האטלנטי בסוף המאה ה־15 ובתחילת המאה ה־16, שבמהלכן גילה את יבשת אמריקה.
החלק הראשון של הרומן נפתח בשנת 1540 בהיספניולה, הקולוניה הספרדית הראשונה בעולם החדש, וגיבורו הוא טוביאס, יהודי מוּמר שהושלך לכלא. בתא הסמוך כלואה אשתו פילאר, אינדיאנית בת המקום. כולאיו מציבים לפניו בחירה: להסגיר בן משפחה של אשתו שהתקומם כנגד השלטון הכובש, או להיתלות למחרת עם אשתו.
במהלך שהותו בתא המצחין והצפוף, נזכר טוביאס בקורותיו. הוא נזכר כיצד עזב את הקהילה היהודית הנרדפת, נטש את בית אביו בסלידה (לאחר שזה הלשין על חברו והביא לתפיסתו בידי השלטונות, עמ׳ 64-55) והצטרף למסע בים לגילוי ארצות חדשות. על הספינה הכיר את האדמירל קולומבוס והפך להיות איש אמונו, הבן המאומץ של הספן הבוער מאמונה נוצרית. אחר כך נטש את ההפלגות, השתקע באי וחי לצד אשתו פילאר, חיים מורכבים בצל עבר שהמשיך ורדף את שניהם.
החלק השני של הרומן מוקדש לסיפורו של קולומבוס, הידוע כספן איטלקי וכמגלה ארצות. סיפורו מתחיל בוואיאדוליד בספרד בשנת 1506, שלושים וארבע שנים לפני כליאתו של טוביאס. אנחנו מתוודעים לאדמירל כשהוא גוסס ומשחזר את ימי הזוהר שלו. גם בחוליו הוא מתכנן מסע נכסף, חמישי ואחרון, לעיר הקדושה, שאולי ישיב לו את תהילתו שאבדה. אם סיפורו של טוביאס כתוב בגוף שלישי, סיפורו של האדמירל מסופר בגוף ראשון באמצעות מכתבים שהוא כותב למלך ספרד.
הבחירה במאה ה־16 אינה מקרית. המאה ה־16 זכורה כרבת תהפוכות וטלטלות; גילויים של איים וארצות חדשות לצד כיבושים אכזריים. שנים שבהן האימפריה הספרדית כבשה שטחים באמריקה הדרומית, וניצרה בכוח את האוכלוסיות המקומיות. המאה הזו מזכירה גם את תקופתנו אנו, שבה הידע הטכנולוגי החדשני פורץ גבולות, חושף גילויים ומקיף את כל חייו של האדם.
קולומבוס מתואר ברומן ככובש אכזר שסובל משגעון גדלות. הוא רואה את עצמו כמי שמביא בשורה חדשה לבני אירופה, כמי שחזון הדת הנוצרית פוקד עליו להגשים את שליחותו, ובשם אמונתו הדתית הפנאטית הוא מצדיק את מעשי האכזריות שהוא ומלחיו מבצעים בילידים בני המקום. בערבים הוא מתפלל לישו ולמריה שיעזרו לו למלא את משימתו הקדושה. הרגעים היחידים שבהם קולומבוס סובל מייסורי מצפון על מעשיו הם ביעותי הלילה החוזרים שלו, המסגירים טפח מנפשו המסוכסכת: “30.4.1506 חמש ורבע לפנות בוקר: שעה ארורה, כמו כל שעה שנזרק אתה מתוך שנתך באמצע הלילה, ומראות חלומך עוד מתלפפים סביבך עד מחנק״ (עמ׳ 272).
העולם החדש שאותו מגלה קולומבוס מתגלה כעולם של הזדמנויות בלתי מוגבלות, אך גם כמסוכן משיכרון כוח ומחוסר המוסריות הרובץ לפתחו. החדשנות יכולה לפרוץ את גזרות הקיים, אבל היא עלולה להיות אלימה ורצחנית כפי שבאה לידי ביטוי בקולוניאליזם האירופי. התמה הזאת משתקפת בציר הנרטיב: תנועת העלילה של הרומן הולכת אחורה במקום לנוע קדימה: ראשית אנחנו נחשפים לסיפורו של טוביאס המסופר בשנת 1540, ורק אחר כך אנחנו מתוודעים לסיפורו של האדמירל, שמתרחש בשנת 1506. קודם אנחנו נחשפים לאכזריותו של קולומבוס הכובש, כפי שהיא מתוארת על פי זיכרונו של טוביאס (שהיה נער סיפון כבן חמש עשרה על אחת מספינותיו), ורק אחר כך אנחנו קוראים את מכתביו הסנטימנטליים למלך. כלומר הקריאה במכתביו של קולומבוס בחלק השני היא קריאה שכבר מוכתמת ברושם (הרע) שהשאיר עלינו החלק הראשון, שבו נמסרה עדותו של טוביאס המדוכא שהכיר את קולומבוס היטב.
הבחירה בז׳אנר הרומן ההיסטורי מאפשרת לשמעוני להדגיש רעיון מרכזי: לקדמה ולנאורות יש השלכות ומחיר דמים כבד, וברומן הזה אנחנו קודם כול נחשפים למחיר ורק לאחר מכן למעשה; כך שבמקום להתפעל (כפי שנהוג) מתגליותיו של קולומבוס כפי שנחתמו בדברי הימים, אנחנו מתוודעים תחילה לעוצמת פגיעותיו. כל הישגיו הידועים נבחנים בדיעבד והופכים להיות הישגים בערבון מוגבל. המבנה המיוחד של הרומן מאפשר למחבר לנער את המובן מאליו ולערער על הקביעה הידועה שההיסטוריה נכתבת בידי המנצחים. שמעוני מעניק קדימוּת לסיפורו של המדוכא – קולו מובא ראשון בסדר הופעת הפרקים. הסדר החדש הזה שבו שמעוני מגיש את הסיפור המוכר ומטיל בו ספק הוא גם אזהרה מפני פנטיות דתית המכתימה בדם את דפי ההיסטוריה וגם אזהרה מפני הנטייה האנושית לנהור אחר הקִדמה; להתפעל מהחדשנות הטכנולוגית ולשכוח את המוסר.
ידוע כי קולומבוס נקלע לסערה עזה בדרכו חזרה ממסעו הראשון. כמנהגם של יורדי ים הוא תיעד את המסע, הטמין את הדיווח בחבית והשליך אותו לים. מכתבו המקורי מעולם לא נמצא, אך לאחר זמן־מה הוא שִחזר את המכתב שכתב. שמעוני השתמש בעובדה ההיסטורית (שקולומבוס תיעד את מסעותיו) בחלק השני של הרומן, והרחיב אותה לצרור מכתבים בדיוניים שהספן כתב למלך ספרד.
קסמו של רומן המכתבים טמון בכך שהדמויות הספרותיות עסוקות בכתיבה בדיוק כמו הסופר. השאלות שהאדמירל שואל את עצמו על היחס בין הכתיבה לחיים הן שאלות שמטרידות גם את שמעוני עצמו. “כמוני טבל גם האל את קולמוסו טבילה אחרונה באוקיינוס הדיו אשר לו בעת כותבו בו את תולדותינו מראשית ועד אחרית […]״ (עמ׳ 429), התפייט קולומבוס במכתבו האחרון ובכך חתם את הספר כולו.
בדברים אלו מורגשת קריצה ארס־פואטית, כאשר הסופר מושווה לכול יכול. כמוהו הוא בורא עולם ומלואו בפרצי דמיונו ובזרוע עטו. אלא שמכיוון שמדובר ברומן הנכתב על רקע היסטורי, העובדה האמיתית המבצבצת מאירה הכול באור אירוני חריף: קולומבוס טעה. הוא מעולם לא ידע כי הגיע ליבשת אמריקה, אלא סבר בטעות – עד יומו האחרון – כי מצא את הנתיב הימי להודו. טעותו של קולומבוס מהדהדת שוב בקריצה ארס־פואטית על מגבלות כוחותיו של הסופר.
ובכל זאת, שמעוני מצליח בכישרונו לבחור שפה פרוזאית מתאימה לכל אחד מהחלקים של הרומן. בחלק הראשון למשל, הווי הספנים מתואר בשפה בוטה וגסה וכולל תיאורים של הפרשות גוף והתנהגות שוביניסטית וסקסיסטית, ובחלק השני הוא נדרש לשפה מליצית, כמעט מקראית־חזונית, שבה כתב קולומבוס את מכתביו. ההישג הזה מזכיר את כוחו של הרומן כז׳אנר שאיבד מעט מהשפעתו נוכח משבר הקריאה במאה ה־21. בכוחו של הרומן לצייר דמויות חיות, לחבוק עולם ומלואו, ולגלות מחדש תקופה היסטורית נשכחת על כל דקויותיה. אין לו תחליף ביצירת חוויית קריאה עמוקה המעוררת הזדהות ומחשבה.
הישג נוסף של הרומן הוא שיתוף הקוראים באופן פעיל בטוויית הסיפור. הספר, המחולק לשני סיפורים של מדוכא ומדכא, משאיר את קוראיו דרוכים, שכן עליהם להשלים את כל הפערים בעלילה. רק באמצעות קריאת הפרק על קולומבוס אנחנו מבינים מה הוביל לקרע בינו לבין טוביאס, וכבר בקריאת הפרק המגולל את סיפורו של טוביאס אנחנו נחשפים, כאמור, לאישיותו הרודנית ולחולשותיו של קולומבוס. כך באופן דיאלקטי מתממש הרעיון ששני גיבורי הספר קשורים זה בזה וסיפוריהם משלימים זה את זה. שניהם מתחבטים בשאלות של אמונה ונאמנות שקורעות את נפשם לגזרים. לכן למרות כל השוני – נמתחים ביניהם גם קורים של דמיון.
האמונה הדתית בחיי העולם הבא מתמוטטת ברומן שכתב שמעוני. קולומבוס, שראה בעצמו שליח אל, חלה ומת ככל האדם. טוביאס, היהודי המומר, בחר להתאבד בתא בית הסוהר ולא לבגוד באשתו. ממרום ניסיונו וחייו רבי התהפוכות טוביאס מנסח בפיכחון את חוסר אמונתו בחיי נצח:
“[…] ומה הטעם בכל אלה אם הוא אינו מאמין עוד בגן עדן או בגיהינום. הייתה רק האדמה הזאת בקצה הזה של האוקיינוס ועוד אדמה בקצה האחר שלו ואולי עוד אחת בדרום, הן עם כל מי שחיו עליהן, שגם אם נראו שונים מאוד זה מזה, אותה נפש שכנה בחזם, ובין הצלעות הדקות הפריכות המקיפות אותה כל פירות גן העדן וכל להבות הגיהינום.״ (עמ׳ 193). הנימה המפוכחת הרואה את עיקר החיים כאן ועכשיו, רומזת שבקרקעית הנפש השקופה של כל אדם באשר הוא טמונה אחרי הכול אנושיות.
